Puerto Escondido se caracteriza por su exuberante flora y fauna, por lo que es muy común en este destino de Oaxaca, el ecoturismo. Algunas de las zonas naturales en las que se lleva a cabo este tipo de turismo son: el Parque Nacional, Lagunas de Chacahua, la Laguna de Manialtepec y Mazunte. En la primera de ellas, se puede apreciar una extensa vegetación de manglares, así como también diferentes tipos de selva, en las que se encuentran tortugas, cocodrilos e iguanas.
En lo que respecta a la laguna de Manialtepec, la misma se caracteriza también por los manglares y gran diversidad de vegetación. Pero además, resaltan en ella las aves acuáticas como cormoranes, anhingas, canoras e iguanas. En Mazunte en cambio, se observan más de 20 especies de árboles y tortugas marinas. Se encuentra allí además, el Centro Mexicano de La Tortuga.